Водоник-пероксид се често користи у пречишћавању органских отпадних вода високе концентрације. Генерално, концентрација је 30%, што је чешће. Користи се у комбинацији са жељезном сумпорном киселином или жељезним хлоридом. Употреба окружења сху је око 3, овај метод назван Фентон. Напомена: ПХ се мора добро контролисати, иначе ефекат неће бити добар.
Друго, водоник-пероксид ће се разложити када је изложен светлости, што захтева тамне контејнере за складиштење. Снажан је оксиданс и треба га пажљиво чувати. Поред тога, након додавања водоник-пероксида створиће се пуно мехурића, па треба додати пенушач.
